Côté ergonomie, l'interface a été allegée et repensée. Seuls quelques boutons figurent dans la barre d'outils générale. Les boutons d'action sur les messages sont eux affichés dans la fenêtre des messages, à côté des en-têtes : logique.

Les messages s'ouvrent désormais dans des onglets, au lieu de s'ouvrir dans une fenêtre indépendante. On gagne en organisation... et en temps d'affichage !

Un nouvel assistant de création de comptes simplifie désormais la tâche : il va chercher lui-même les adresses des serveurs.
un gestionnaire permet de garder la trace des activités accomplies entre Thunderbird et les autres comptes de courriers électroniques;
La recherche, plus performante, intègre de nouveaux crritères (par expéditeur, par pièce jointe, par dossier, etc.).

Thunderbird 3 intègre en outre le moteur de recherche du système d'exploitation sur lequel il est installé (Windows ou Mac). Il supporte également les carnets d'adresses Windows et Mac.
Calqué sur celui de Firefox, le tout nouveau gestionnaire d’extensions permet d'ajouter, de désactiver et de désinstaller facilement les extensions. Ce changement en revanche fait que les extensions pour Thunderbird 2 devront obligatoirement être mises à jour.
Comme dans Gmail, vous pouvez désormais archiver vos e-mails. Les courriers s'archivent alors dans un dossier dédié.
Pour être une alternative à Outlook, Thunderbird 3 devait initialement intégrer un agenda. Une partie du travail des développeurs est faite : l'extension Lightning permet déjà d'installer dans le logiciel un calendrier disposant de fonctions sympathiques. Mais l'intégration de cette extension dans le noyau du logiciel a donné du fil à retordre aux développeurs. L'agenda est repoussé à de futures versions...